Kauno teritorinėje muitinėje yra šie administracijos struktūriniai padaliniai (skyriai):
Mokesčių apskaitos ir išieškojimo skyrius
Muitinės kontrolės organizavimo skyrius
Muitinės procedūrų priežiūros skyrius
Pažeidimų prevencijos skyrius
Tarifų ir muitinio įvertinimo kontrolės skyrius
Teisės skyrius
Ūkio subjektų patikrinimų skyrius
Informacija atnaujinta 2024-06-25